La misión del Contralor Interno UCSC es analizar y fiscalizar, en forma oportuna e independiente, que los procedimientos y operaciones administrativas, académicas y financieras de la Universidad, se desarrollen en concordancia con la normativa y los lineamientos estratégicos de la Universidad.
El Contralor Interno reporta directamente al Rector, atribuyéndosele para ello funciones específicas de revisión, análisis, fiscalización y control de la normativa Institucional, así como el correcto uso de los recursos de la Institución y los procedimientos y responsabilidades definidas.
El Contralor interno tiene también la responsabilidad de todas aquellas funciones que el Rector le asigne.
La Contraloría Interna fue creada a través del D.R. 34/2001, que fue modificado posteriormente a través del D.R. 76/2015, y actualizado con el Decreto de Rectoría 73/2021 que regula el cargo de Contralor Interno de la Universidad.